科学技术处（简称“科技处”）为学校正处级行政管理机构，归口管理学校自然科学类科技工作。在学校的历次机构调整中：2001年11月，科研处更名为科技处（南大发[2001]18号）；2003年5月，学校设立科学技术处、社会科学处，两处合署办公（昌大发[2003]5号）；2005年12月，科学技术处、社会科学处两部门独立办公（昌大校发[2005]136号）；2010年9月，学校党委会审定了科学技术处与医学科技处的重组方案（校党委会纪要[2010]14号），对科学技术处进行了重组（昌大人字[2010]19号），科学技术处重组后，在医学院设立科研办公室，履行医学科技工作的组织和协调职能；2020年1月13日，学校党委常委会研究，决定组建南昌大学技术转移中心（南大人字[2020]2号）。

主要职责包括科研政策落实与战略统筹，贯彻执行党和国家各项科技方针政策；协助校领导制定学校中长期科技发展规划；制定学校科研管理规章制度；构建规范高效的科研管理体系，负责学校科研项目、科研机构、科技奖励、科技合作等相关科研活动的组织、管理和服务。

目前，科学技术处下设综合科、基础研究科、重大任务与奖励科、科研平台与社会服务科4个科室。